Deine Geschichte ist noch recht verworren.
Abstinenznachweise und eine MPU sind keine Strafe.
Meine Vermutung:
Die beiden Cannabisbesitze werden wohl eher an die Führerscheinstelle gemeldet worden sein.
Wenn dein Sohn jetzt einen Führerschein beantragt (oder auch wenn er seinen Führerschein machen konnte und die Meldungen erst nachträglich aufgefallen sind) prüft die Führerscheinstelle ob er dafür geeignet ist. Durch den Cannabisbesitz, zudem als Wiederholungstäter, bestehen daran Zweifel, die dein Sohn ausräumen muss.
Da offensichtlich bei beiden Kontrollen keine Werte bestimmt wurden würde ich zunächst die Forderung nach einem ärztliches Gutachten (äG) erwarten.
Erst wenn dein Sohn das äG nicht besteht oder er darauf nicht reagiert (also auch den Antrag für den Führerschein nicht zurückzieht) muss die Führerscheinstelle davon ausgehen, das dein Sohn nicht für einen Führerschein geeignet ist.
Danach hat dein Sohn die ihm gesetzlich zustehende Möglichkeit seine Geeignetheit durch eine MPU nachzu weisen. Dazu sind in der Regel Abstinenznachweise erforderlich.
Wenn dein Sohn seinen Führerscheinantrag zurückzieht braucht er keine Abstinenznachweise und muss keine MPU machen.
Es kann auch sein das die Behörden ihn (aus welchen Gründen auch immer) als Führerscheininhaber einstufen und deshalb die MPU fordern. Hat er auch keinen "kleinen" Führerschein? Moped, Trecker, etc.?
Soweit meine Spekulationen.